După anul 1990, afluenţa pelerinilor români în Ţara Sfântă a făcut ca spaţiile de cazare să devină insuficiente. Intrucât, pentru extinderea Aşezământului din Ierusalim nu existau posibilităţi legale imediate, s-a găsit soluţia reactualizării unei iniţiative mai vechi: folosirea terenului din Ierihon, de 833 mp, donat prin testament, în anii 1969 si 1987, Patriarhiei Române de către Constantin, Elena şi Dumitru Samoilă, români din Moldova, stabiliţi la Locurile Sfinte în 1933. Misiunea aducerii la îndeplinire a acestui proiect a fost încredinţată Arhimandritului leronim Creţu, numit în septembrie 1994 superior al Aşezămintelor româneşti şi reprezentant al Patriarhiei Române la Locurile Sfinte. După transcrierea acestei proprietăţi pe numele Patriarhiei Române, operaţiune incheiată la 15 decembrie 1996, s-au mai cumpărat alte trei terenuri invecinate, mărindu-se astfel proprietatea iniţială la peste 3.000 mp. Preţul terenurilor cumpărate, taxele de transcriere şi de eliberare a autorizaţiei de construcţie, precum şi cheltuielile pentru deschiderea şantierului şi începerea lucrărilor au fost acoperite din contribuţia familiei Horia Popescu si Ioana Lăncrănjan-Popescu din Basel-Elveţia, a părintelui arhimandrit Ilarion Argatu de la mănăstirea Cernica şi a unor credincioşi din ţară, precum şi din unele subvenţii acordate de Statul român.

 După întocmirea planurilor de către arhitecţii Sorin Ilie Vasilescu şi Horea Gavriș, de la Universitatea de Arhitectură şi Urbanism Ion Mincu din Bucureşti — planuri aprobate de patriarhul Teoctist la 15 noiembrie 1997 —, după organizarea temeinică a santierului, lucrările au debutat efectiv la 21 iunie 1999. Au început cu paraclisul şi au continuat cu biserica mare, într-un ritm susţinut. Astfel că, o dată cu serbările jubiliare dedicate bimileniului Naşterii Domnului, la 5 ianuarie 2000, altarul bisericii mari a fost sfinţit de către Patriarhul Teoctist, înconjurat de ierarhii din delegaţie — între care şi actualul Patriarh Daniel, pe atunci mitropolit al Moldovei şi Bucovinei —, în prezenţa autorităţilor locale, a unor diplomaţi şi a peste 300 de pelerini şi muncitori români din Israel. Paraclisul a fost sfinţit în acelaşi timp cu altarul bisericii mari, de către Episcopul Teofan Sinaitul, vicar-patriarhal, oficiindu-se apoi Sfânta Liturghie. În aceeaşi zi s-a pus piatra de temelie şi la casa de pelerini, printr-o slujbă oficiată de Patriarhul Teoctist.

 După sfinţire, lucrările au continuat, iar în anul 2005 a fost executată pictura in frescă a bisericii şi a paraclisului, de către pictorii Ion şi Daniela Moldoveanu. La subsolul bisericii a fost amenajat un al doilea paraclis, cu hramurile Sfântul Prooroc Daniel şi paraschiva de finta Cuvioasa la lasi, pictat în frescă în 2009, de către aceeaşi pictori. Între anii 2007-2009, cu sprijinul financiar al Guvernului român, Aşezământul a mai dobândit 6.300 mp, adăugaţi celor 3000 mp achiziţionaţi anterior, încât totalul proprietăţii a ajuns la aproximativ 10.000 mp.

 Lucrările de construcţie la clădirile Aşezământului au fost executate de o echipă de muncitori români condusă de ing. Constantin Teodorescu, iar o echipă de arhitecţi, ingineri şi muncitori locali, sub îndrumarea benevolă a prof. univ. arh. Constantin Vişan, au lucrat la realizarea decoraţiunilor şi funcţionalităţilor interioare, la execuţia bolţilor, pardoselilor, corpurilor de iluminat, a mobilierului şi a altor detalii privind finisajele. Astfel, rând pe rând, s-au realizat: casa oficială cu paraclis şi bibliotecă, turnul clopotniţă, biserica mare, casa de pelerini, recepţia, sala de festivităţi, turnul lifturilor, o nouă secţiune de cazare, instalaţiile electrice, de apă şi sanitare, solare, instalaţii de aer condiţionat şi pentru stingerea incendiilor. Totodată, a fost construit zidul împrejmuitor, s-a realizat iluminatul extern, pavarea cu dale de piatră, confecţionarea porţilor si organizarea spaţiilor verzi.

În Darea de seamă asupra activităţii des surate in cursul lunii mai 2010, intocmită de către superiorul Aşezămintelor româneşti în Ţara Sfântă, arhimandrit Ieronim Creţu, sunt date despre aceste realizări, dar şi propuneri privind viitoarele proiecte, care ne oferă o imagine a ceea ce va fi Aşezământul de la Ierihon: „ca proiect de viitor avem completarea aşezământului cu o intrare adecvată, cu parcare pentru maşini şi autocare, magazin de suveniruri şi spaţii sociale, grădină şi spaţii verzi, dar şi cu celelalte clădiri necesare, respectiv locuinţele personalului, Centrul de studii biblice, incluzând circa 60 de noi locuri de cazare, un Centru de tratament care să folosească beneficiile naturale din zonă, dar şi un Centru oftalmologic pentru cu intrare separată, pe o a treia stradă, cu toate cele necesare funcţionării lor". Ceea ce poate vedea acum pelerinul ajuns la Ierihon este un ansamblu impreosionant de clădiri: imprejurul bisericii cu hramul Naşterea Domnului şi Toți Sfinții Români se întinde pe trei laturi ansamblul aşezământului: paraclisul, clopotniţa, casa pentru pelerini și administraţia. Corpul casei pentru pelerini se desfăsoară pe trei nivele. La parter se află un salon de protocol, bucătăria, sala de mese pentru pelerini, administraţia și o terasă. Grupul de camere de la parter este rezervat personalului administrativ responsabil cu activitățile Asezământului.

La etajul I se află 20 de camere, iar la etajele II si III câte 15 camere pentru pelerini. În total sunt 45 de camere, fiecare cameră este dotată cu grup sanitar propriu şi are acces la balcon.

La subsolul acestui complex de clădiri se află cel de-al doilea paraclis, cu hramul Sfântul Prooroc Daniel şi Sfânta Cuvioasă Paraschiva, finalizat în anul 2009. Aici se mai află biblioteca, cu sală de studiu, o sală de conferinţe, magazia, precum şi alte spaţii utile. Pe terenul destinat Centrului de studii biblice, până, la construirea acestuia, a fost amenajată o grădină de legume pe o suprafaţă de 4.000 mp pentru a acoperi consumul intern (al personalului administrativ şi al pelerinilor) si de asemenea a fost amenajat un spaţiu destinat creşterii păsărilor necesare pentru hrană.

Situaţia juridică a Aşezământului românesc de la Ierihon, pentru construirea căruia s-a dat o aprobare verbală de către Patriarhul Diodor, cu puţin timp inainte de moartea sa, n-a fost recunoscută de către reprezentanţii Patriarhiei Ierusalimului. În aceste condiţii, arhimandritul Ieronim Creţu a comunicat Preafericitului Patriarh Daniel în martie 2010, că „este de maxim interes, inceperea dialogului dintre Patriarhia Română şi Patriarhia Ierusalimului in vederea soluţionării conflictului izbucnit în anii anteriori, care, din păcate, menţine Bisericile noastre într-o stare de incordare şi răceală". Pentru clarificarea situaţiei, Preafericitul Patriarh Daniel l-a delegat pe Preasfinţitul Ciprian Câmpineanul, episcop-vicar patriarhal şi secretar al Sfântului Sinod, să poarte discuţii cu reprezentanţii Patriarhiei Ierusalimului cu privire la Aşezământul de la Ierihon. La 15 aprilie 2011, Preasfinţitul Ciprian, episcop-vicar patriarhal, a fost primit de patriarhul Teofil al III-lea al Ierusalimului şi, în urma discuţiilor avute, s-a convenit iniţierea unui dialog bilateral frăţesc între cele două Patriarhii pentru identificarea unei soluţii privind existenţa Aşezământului românesc de la Ierihon.

În pofida acestei aparente înţelegeri, Patriarhia Ierusalimului a luat o decizie unilaterală, de sancţionare a Patriarhiei Române şi a Reprezentanţei sale la Locurile Sfinte, anunţând, la 9 mai 2011, ruperea comuniunii dintre Patriarhia Ierusalimului şi Patriarhia Română pe motivul construirii Căminul românesc pentru pelerini de la Ierihon, fără aprobare scrisă.

Decizia a fost luată in cadrul Sinodului Patriarhiei lerusalimului, întrunit in acea zi, tot atunci s-a luat o decizie impotriva Arhimandritului Ieronim Creţu, superiorul Aşezămintelor româneşti de la Locurile Sfinte. Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a hotărât să nu întrerupă comuniunea cu Patriarhia Ierusalimului si, în acelaşi timp, să înceapă dialogul pentru soluţionarea problemei. Dialogul a fost facilitat de Patriarhia Ecumenică (Bucureşti, 10-11 decembrie 2012), iar apoi, cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Daniel, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române, în zilele de 20-21 februarie 2013, o delegaţie a Patriarhiei Române, alcătuită din IPS Mitropolit Nifon, arhiepiscopul Târgovistei si exarh patriarhal, PC Pr. prof. Viorel consilier patriarhal onorifi și PC Pr. Michael Tiţa, consilier patriarhal pentru relaţii bisericeşti interreligioase, s-a întâlnit la Ierusalim cu o delegaţie a Patriarhiei Ierusalimului, pentru rezolvarea problemei legate de Aşezământul Românesc de la Ierihon.Cele două delegaţii au redactat împreună un document, care a primit binecuvântarea Preafericitului Patriarh Teofil al Ierusalimului si a Preafericitului Patriarh Daniel al României, prin care s-a ajuns la restabilirea comuniunii frăţeşti euharistice între cele două Biserici. În numele Preafericitului Patriarh Daniel, delegaţia Patriarhiei Române a adresat Preafericitului Patriarh Teofil al Ierusalimului invitaţia de a vizita Patriarhia Română, iar Preafericitul Părinte Patriarh Teofil a acceptat cu bucurie această invitaţie.

Cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Daniel, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române, în zilele de 2-3 februarie 2014, a avut loc o a doua întâlnire, delegaţia Patriarhiei Române alcătuită din Înaltpreasfinţitul Părinte Mitropolit Nifon, Arhiepiscopul Târgoviştei şi Exarh patriarhal, PC Părinte Profesor Viorel consilier patriarhal onorific, şi PC Părinte Michael Tiţa, consilier patriarhal pentru relaţii bisericeşti şi interreligioase şi Preafericitul Părinte Teofil al III-lea, Patriarhul Ierusalimului, însoţit de Înaltpreasfinţitul Arhiepiscop Aristarh de Constantini și Înaltpreasfinţitul Arhiepiscop Metodie de Tabor, pentru lămurirea unor detalii referitoare la textul acordului bilateral. Ca urmare a celor trei runde de convorbiri (Ierusalim, 20-21 februarie 2013; Ierusalim, iulie 2013 şi Ierusalim 2-3 februarie 2014), desfăşurate în spirit de frăţietate şi respect reciproc, s-a ajuns de la semnarea de către patriarhul Ierusalimului patriarhul României a unui Acord patriarhal de restabilire a comuniunii bisericeşti depline. Acest Acord a fost semnat la Bucuresti, de către Preafericitul Părinte Patriarh Daniel, în data de 2 februarie 2014, si la Ierusalim, de către Preafericitul Părinte Teofil al în data de 3 februarie 2014. Cu acelaşi prilej a fost prezentat noul superior al Aşezămintelor Româneşti de la Locurile Sfinte, în persoana Arhimandritului Timotei Aioanei.