Istoria Schitului românesc de la Iordan incepe o dată cu hotărârea Guvernului Palestinian, la inceputul anului 1931, de a impărţi lin parcele de câte 10 dumane (10.000 mp) terenul de pe malul drept al râului Iordan, pentru a le oferi unor comunităţi religioase care, în cel mult doi ani, ar construi acolo o mănăstire, ori un aşezământ religios. Ieromonahul Gherasim Luca, în calitate de delegat al Patriarhiei Române în Palestina, depune o cerere în acest sens, în numele comunităţii româneşti. Primeşte, în urma unui schimb epistolar în care işi lămureşte intenţia, binecuvântarea Patriarhului Miron de a achiziţiona terenul, cu condiţia ca actul de cumpărare să fie făcut în numele şi pentru Patriarhia română, si totul să, se facă sub directa supraveghere a consulului român la Ierusalim. Promisiunea scrisă a ieromonahului Gherasim este ca, după obţinerea contractului, să facă „cererea cuvenită fie primit ca danie din partea mea Patriarhiei noastre din Bucuresti, dar cât voi trăi pe acest pământ să pot avea eu culcuşul meu nesupărat, totodată şi fraţii in Domnul care s-ar hotări la o viaţă cu mine. Si dacă s-ar putea să avem binecuvântarea să ne facem un mic paraclis pentru a ne face pravila călugărească".

Actul de dobândire a terenului poartă data de 3 ianuarie 1933, o dobândire condiţionată de construirea, în cel mult doi ani, a unui locaş de cult în acel loc. în caz contrar, locul se pierdea, iar autorităţile restituiau taxa plătită. După cumpărarea terenului, ieromonahul Gherasirn Luca ridică o mică chilie cu pivniţă, sapă o fântână şi împrejmuieste suprafaţa, plantând acolo câţiva pomi. Intenţia era insă de a mai ridica chilii si, alături, un mic paraclis şi, in acelaşi timp, de a extinde plantaţia de pomi fructiferi. În aceste imprejurări, Consiliul Central Bisericesc deleagă pe arhimandritul Mina Prodan din Mănăstirea Neamţ să meargă in Palestina si să se intereseze de adunarea fondurilor necesare pentru lucrări; la faţa locului acesta constată că protosinghelul Gherasim Luca a „ridicat o chilie cu două încăperi din beton, cu temelie de un metru în jos şi că român are doi ucenici săraci, care şi-au făcut acolo 2 chilii din lemn".

Problema rămânea însă ridicarea unui locaş de cult, fapt pe care îl menţionează şi consulul Marcu Beza în corespondenţa sa adresată Patriarhului Miron. În 1935, când se hotărăşte punerea pietrei de temelie a bisericii de la Iordan, Patriarhul Miron solicită Patriarhiei Ierusalimului să desemneze un arhiereu care să oficieze slujba. Patriarhia Ierusalimului răspunde acestei solicitări amintind că Biserica Ortodoxă Română nu a obţinut permisiunea canonică de a ridica un locas de cult la Iordan.

În faţa acestui refuz, consulul Marcu Beza îi invită pe toţi românii din Ierusalim la data stabilită pe malurile Iordanului, unde are loc o slujbă oficiată de protosinghelul Damaschin Trofin, ieromonahul Fotie Petrescu şi părintele Gherasim Luca, urmând ca punerea pietrei de temelie, după. rânduiala bisericească, să aibă loc în aprilie 1935, când un grup de 150 pelerini români vor ajunge în Ţara Sfântă, însoţiţi de episcopul Romanului, Lucian Triteanu. Potrivit celor stabilite de Patriarhul Miron, în ziua de 25 aprilie 1935, pelerinii români s-au adunat pe valea Iordanului şi au participat la ceremonia punerii pietrei fundamentale a bisericii româneşti, oficiată de Episcopul Lucian.

Lucrările au început imediat, fiind executate de firma arhitectului Andoni Baramki după planul arhitectului Patriarhiei, Dumitru Ionescu-Berechet, contra sumei de 1200 lire palestiniene, potrivit devizului. La sfârşitul anului biserica era gata, în anul următor fiind realizată şi catapeteasma de către sculptorul Anghel Dima, icoanele fiind pictate de către Dimitrie Belizarie. Mai rămăsese de executat pictura şi de confecţionat mobilierul. Abia în 1966 se încheie contrac-tul cu pictorul Gh. Vânătoru, care începe lucrările în 1968, terminându-le în luna august a aceluiaşi an. Şi astfel, biserica Schitului românesc de la Iordan era pictată şi înzestrată cu toate cele de trebuinţă, în jurul ei se aflau si câteva chilii, ridicate de-a lungul timpului de vieţuitorii schitului, o grădină de legume o plantaţie de pomi fructiferi. Între timp, în 1937 Patriarhul Miron reluase corespondenţa în vederea obţinerii binecuvântării canonice din partea Patriarhiei Ierusalimului, neobţinând însă un răspuns. În 1951 Patriarhul Justinian, intervine la rândul său pe lângă Patriarhia Ierusalimului în vederea sfinţirii paraclisului românesc Sf. Ioan Botezătorul de la Iordan, dar nici la această intervenţie nu s-a primit răspuns.

În iunie 1967 a izbucnit conflictul armat dintre Israel şi alianţa formată din statele arabe Egipt, Iordania și Siria. În urma victoriei militare asupra arabe, biserica românească de la Iordan ajunge pe teritoriul statului Israel, linia de demarcaţie a frontierei dintre Iordania şi Israel aflându-se la o distanţă de circa 500 m de aşezământul românesc. Starea conflictuală din zona de frontieră nu incetează si vieţuitorii părăsesc locul, ieroschimonahul Juvenalie Străinu fiind  singurul călugăr care rămâne în pustia Iordanului. Fiind bătrân şi singur, este trimis din ţară protosinghelul Damian Stogu. În 1970, el rămăsese singurul vieţuitor pe toată valea Iordanului şi, fiind surprins în mijlocul unui schimb de focuri între cele două tabere rivale, a fost impuşcat. După acest tragic moment, accesul persoanelor în zonă este interzis, aşezământul rămânând definitiv închis şi părăsit, la fel ca celelalte mănăstiri din această zonă cu teren minat.

În 1980, Vasile Cornilă, superior al Aşezământului de la Ierusalim, obţine permisiunea de a vedea starea în care se află schitul. Însoţit de comandantul gărzii de grăniceri şi alţi şapte militari, intră în perimetrul necirculat şi reuşeşte să se apropie de biserică la o distanţă de circa 80-100 metri. Constatarea sa, trimisă Patriarhiei, este că „acoperişul bisericii este dărâmat, casa de beton distrusă (parterul şi etajul)". Situaţia schitului de la Iordan este neschimbată până. astăzi. „Valea mănăstirilor", cum este numită zona, a fost declarată zonă militară închisă pe o distanţă de 5 km de la râu spre interiorul țării. Până de curând, doar la Bobotează si în sfânta şi marea zi de Marţi din Săptămâna Patimilor, sub pază militară, era îngăduit accesul pelerinilor. În ultimii doi ani, accesul este permis pelerinilor 8-10 ore pe zi. În 1995, conducătorii Bisericilor care au drept de proprietate asupra locurilor aflate pe valea Iordanului au adresat Statului Israel o cerere prin care se solicită curăţarea zonei de mine, dreptul de a restaura mănăstirile, bisericile şi schiturile aflate în acele locuri sfinte şi accesul clerului şi pelerinilor pe parcursul întregului an.

În acest context, s-a intervenit în mai multe rânduri la autorităţile israeliene pentru redeschiderea schitului nostru de la Iordan, refacerea construcţiilor şi reactivarea vieţii monahale de acolo. Răspunsul primit porneşte de la faptul că semnarea tratatului de pace între Israel şi Regatul Iordaniei nu elimină de la sine problemele de securitate existente incă de-a lungul graniţei şi, în aceste condiții,  „este prematur să redeschidem schitul românesc Sf. Ioan Botezătorul, situat în zona adiacentă a graniţei cu Regatul Iordaniei. Sperăm și dorim ca imprejurările să se modifice in aşa fel incât să fie posibil să îndeplinim rugămintea dvs. în viitorul apropiat”.

În ultimii ani, Ministerul Turismului din Israel a întocmit un plan pentru reabilitarea zonei de graniţă de pe Valea Iordanului şi, totodată, s-a angajat ca împreună cu Ministerul Apărării să procedeze la deminarea terenului, spre a se putea trece la restaurarea construcţiilor şi reinceperea vieţii monahale,precum si la organizarea pelerinajelor în acel loc.